近年来，厦门大学以学科优化调整为中心，努力发展新兴学科和特色学科，从而促进了人文社会科学科研水平的提高，增强了学校参与重大决策咨询的能力，为国家经济建设和社会发展做出了新的贡献。在去年举行的首届国家社科基金项目优秀成果评奖中，该校有6项成果获奖，不仅囊括了福建省的所有获奖项目，而且获奖总数位居全国高校第三位。
厦门大学人文学科中素以基础研究见长，经济学、历史学等学科建设经过长期建设具有明显的学科优势。学校在各方面创造条件确保这些传统优势学科继续保持领先地位的同时，也对新兴学科和特色学科予以足够的重视，针对厦门经济特区的实际，该校确立了独特的“台、海、特、侨”的办学特色，着重发展国际经济法、特区经济、台湾问题和东南亚问题综合研究等新兴和特色学科。十几年来，这些学科领域为国家建设提供了一批高质量的研究成果，厦大台湾研究所现已成为我国大陆最权威的台湾研究机构之一，他们所提供的研究报告，为中央对台决策提供了重要参考依据，受到党和国家领导人的多次称赞。厦大南洋研究院也“老枝开新芽”，在改革开放中焕发青春，该院的研究成果为我国政府正确处理南海主权等问题提供了理论依据，受到国务院有关部门的表扬。
厦大还通过科研体制改革和机制转换，加大了为地方经济建设和社会发展服务的力度。去年厦大发起并主办了“福建发展论坛”，定期对有关福建发展的重大问题进行研讨，并将成果汇集出版《福建发展研究丛书》。他们还与福建省有关部门先后共同组建了厦大人力资源研究所、福建经济研究中心等研究机构，为落实福建省委提出的建设海峡西岸繁荣带的建设目标提供重要咨询意见，受到福建省委、省政府领导的高度评价。
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